Οι άνδρες οι οποίοι προσβάλλονται από κακοήθεις τύπους HPV μπορούν να αναπτύξουν καρκίνο του πρωκτού ή καρκίνο του πέους. Η συχνότητα εμφάνισης των καρκίνων αυτών είναι πολύ μικρότερη σε σχέση με την αντίστοιχη των γυναικών. Ο άνδρας φαίνεται ότι είναι κυρίως φορέας της λοίμωξης (μεταφέρει και μεταδίδει τον ιό HPV, δεν νοσεί), ενώ συγχρόνως αποδεικνύεται ικανότερος (ο ανδρικός οργανισμός) να υποστρέφει τις βλάβες. Οι καλοήθεις τύποι προκαλούν την ανάπτυξη γεννητικών κονδυλωμάτων όπως και στη γυναίκα.